Muzeum Przyrodnicze w Jeleniej Górze utworzono i udostępniono Zwiedzającym 12 września 1954 roku jako Muzeum Przyrodnicze w Cieplicach Śląskich (Cieplice Śląskie były osobnym miastem do 1976 roku). Placówka powstała na bazie resztek bogatych zbiorów Schaffgotschów, gromadzonych co najmniej od XVI wieku, a przechowywanych do 1945 roku w klasztorze pocysterskim, Długim Domu i pałacu Schaffgotschów w Cieplicach (księgozbiór, dzieła sztuki, militaria, numizmatyka, sfragistyka, przyroda) i w pałacu Schaffgotschów w Sobieszowie (archiwalia). Zbiory cieplickie zgromadzone w zespole poklasztornym w Cieplicach udostępniono od 1834 roku. Kolekcje przyrodnicze w Długim Domu funkcjonowały od 1920 roku jako muzeum. W tamtych czasach świetności, zbiory te nazywano „Skarbcem Śląska”. Powstałe w latach 50. XX wieku polskie kadłubowe Muzeum, pozbawione najcenniejszych zbiorów, mieściło się już tylko w tzw. Długim Domu (część zespołu poklasztornego, a właściwie w dawnej prebendzie klasztoru cystersów w Krzeszowie). W latach 1965-1967 przenoszono je sukcesywnie do nieprzystosowanego do celów muzealnych, tzw. Pawilonu Norweskiego w Parku Norweskim (dawna restauracja parkowa). Uroczyste otwarcie nowej siedziby muzeum w Cieplicach Śląskich Zdroju miało miejsce 3 maja 1967 roku. Działalność wystawiennicza w Pawilonie Norweskim została zakończona 6 listopada 2013 roku. W 2009 roku zapadły decyzje o przejęciu przez Miasto Jelenią Górę części dawnej prepozytury klasztoru w Krzeszowie (dawna Biblioteka Majoracka) i – po remoncie i adaptacji – przeniesieniu tam Muzeum Przyrodniczego. Remont trwał w latach 2010-2013. Zakończył się oficjalnie 17 sierpnia 2013 roku. Od 12 sierpnia 2013 roku formalnie nową siedzibą Muzeum Przyrodniczego w Jeleniej Górze jest część północna obiektu poklasztornego, dawnej siedziby prepozytury w Cieplicach opactwa w Krzeszowie (od końca XVI w. do 1810 roku), później siedziby Biblioteki Majorackiej Schaffgotschów (od 1 lipca 1834 do 8 maja 1945 roku), następnie Stacji Naukowej i Biblioteki im. J. S. Bandtkego (od 8 czerwca 1947 do II poł. 1948), składnicy muzealnej Ministerstwa Kultury i Sztuki (od 1949 do 1951 roku), ostatnio pełniącej funkcję pralni, stolarni, magazynów gospodarczych i obrony cywilnej Uzdrowiska Cieplice (w latach 1952-2009). Wystawy stałe: - Wystawa plenerowa "Mikroświat" (w budowie) - Wystawa plenerowa uli figuralnych pt. “Pasieka Karkonoska” na posesji Muzeum przed wejściem głównym - Wirydarz klasztorny - Nowoodkryte freski barokowe przedstawiające "Życie św. Bernarda z Clairvoux" - “Naturalny Skarbiec Karkonoszy i Kotliny Jeleniogórskiej” - “Historia Cieplic, klasztoru i uzdrowiska” - "Rogi i poroża" - "Barwny świat ptaków" - "Tajemniczy świat grzybów" - "Niesamowity świat owadów" - "Taki był Skarbiec Śląska" - "Ssaki Eurazji" - "Muzeum Przedszkolaka"