Das Naturkundenmuseum in Jelenia Góra wurde am 12. September 1954 als Naturkundenmuseum in Cieplice Śląskie (Bad Warmbrunn, bis 1976 eine selbstständige Stadt) gebildet und eröffnet. Die Einrichtung entstand auf der Basis der Reste der üppigen Sammlungen der Familie von Schaffgotsch, die seit dem 16. Jh. zusammengetragen wurden und bis 1945 im ehem. Zisterzienserkloster, im Langen Haus und im der Reichsgrafen von Schaffgotsch zu Warmbrunn (Bücherbestand, Kunstobjekte, Militaria, Münzensammlung, Sphragistik, Naturwissenschaft) und Sobieszów (Hermsdorf; Archivbestand). Die Warmbrunner Sammlungen in dem ehem. Zisterzienserkloster in Warmbrunn wurden 1834 der Öffentlichkeit vorgestellt. Seit 1920 wurden die naturkundlichen Sammlungen im Rahmen eines Museums im Langen Haus präsentiert. Zu dieser Zeit wurde diese Kollektion auch die „Schatzkammer Schlesiens" genannt.
Das in den 50er Jahren des 20. Jh. bereits unter polnischer Verwaltung gebildete „Rumpfmuseum", ohne der kostbarsten Sammlungen, befand sich ausschließlich im sog. Langen Haus (Teil des Klosterkomplexes, oder vielmehr der ehem. Präbende des Zisterzienserklosters zu Grüssau). 1965-1967 wurde es allmählich in den Norwegischen Pavillon (Restaurant im ehem. Füllner-Park) verlegt, der jedoch diesem Zwecke nicht angepasst war.
Die feierliche Eröffnung des neuen Sitzes des Museums in Cieplice Śląskie Zdrój (Bad Warmbrunn) fand am 3. Mai 1967 statt.
Die Ausstellungstätigkeit im Norwegischen Pavillon wurde am 6. November 2013 beendet.
2009 ist die Entscheidung über Übernahme eines Teils der ehem. Präpositur des Grüssauer Klosters in Grüssau, der Majoratsbibliothek, und nach Renovierung und Adaptation über Verlegung des Naturkundenmuseums dorthin gefallen.
Die Renovierungsarbeiten dauerten von 2010 bis 2013 und wurden formell am 17. August 2013 beendet.
Seit dem 12. August 2013 befindet sich der formelle Sitz des Naturkundenmuseums in Jelenia Góra (Hirschberg) im nördlichen Teil des ehem. Klosters – der Warmbrunner Präpositur der Abtei in Grüssau (seit dem Ende des 16. Jh. bis 1810). Hier hatten ihren Sitz auch die Majoratsbibliothek der Reichsgrafen von Schaffgotsch (1. Juli 1834 – 8. Mai 1945), die Wissenschaftliche Station und die J. S. Bandtke-Bibliothek (8. Juni 1947 – 2. Hälfte 1948), die Kunstlagerstätte des Ministeriums für Kultur und Kunst (1949 – 1951) und in den letzten Jahrzehnten – die Wäscherei, Tischlerei und Lagerräume der Verwaltung und der Zivilverteidigung des Kurbads Cieplice (Warmbrunn; 1952 – 2009).
Ständige Ausstellungen:
- Freilichtausstellung „Mikrowelt” (in Vorbereitung)
- Freilichtausstellung der figuralen Bienenstöcke „Imkerei aus dem Riesengebirge” auf dem Hof des Museums vor dem Haupteingang
- Viridarium des Klosters
- Neu aufgedeckte Fresken „Das Leben des Hl. Bernhard von Clairvoux”
- „Die Schatzkammer der Natur des Riesengebirges und des Hirschberger Tals”
- „Geschichte Warmbrunns, des Klosters und des Kurbades”
- „Hörner und Geweihe”
- „Die bunte Vogelwelt”
- „Die geheimnisvolle Welt der Pilze”
- „Die erstaunliche Welt der Insekten”
- „Das war die Schatzkammer Schlesien”
- „Säugetiere Eurasiens”
- „Museum für Kitas“